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Los últimos investigadores del Departamento de Policía de San Francisco fueron los inspectores de homicidios Michael N. Maloney y Kelly Carroll, ellos fueron los primeros en enviar evidencia de ADN del Zodiaco obtenido de las cartas para su análisis, el cual arrojó un perfíl genético parcial. Las pruebas de ADN parecen haber excluído a su principal sospechoso, Arthur Leigh Allen, y después a Mike Rodelli, un prominente hombre de negocios quien vivía cerca de la escena del crimen de Paul Stine.
La policía de San Francisco marcó el caso como "inactivo" en abril del 2004, pero debido a la presión fue reabierto durante un tiempo antes de marzo del 2007 y enviaron evidencia de información genética para usar como prueba. A lo cual también, el caso permanece abierto en otras jurisdicciones